На мой взгляд ситуация неоднозначная.

Кто являся заяителем при изменении устава? 

Если бывший собственник влялся одновремено геной, то скорее всего - он сам к нотариусу и ходил. Или новый гена заверял?

Запись в нотариальном реестре может являться существеным оказательстом по делу.

Проводилась ли графологичекая экспертиза надписи на сшивке Устава?

1. Договор купли-продажи доли тоже подделан?

2. Кто был ЕИО до продажи и по 2010 г.? Ежегодные собрания ни до, ни после никто не отменял.

Ну да, можно обжаловать, если заявителем был не сам потеряшка (кинутый учредитель)...

И самое главное - на х...я ему обратно общество (дорого как память, или ативы сладкие)? Если активы - то док-во в суде: мол "Какая номинальная стоимость доли при сделке, ежели там активом на ахулиард"...

 генеральный не менялся ни до, ни после внесения в изменений, поэтому к нотариусу он не ходил. Давление идет на него сильное. Заявителем в налоговую являлся новый собственник, но по доверенности носила документы сестра.

Экспертиза по сшивке не проводилась (насколько она может помочь?)

Договор купли-продажи не подделан, но мало "материала" - подпись достаточно простая, хотя есть ее образцы на других документах.

Заявитель - бывший учредитель, считающий себя обманутым в других совместных проектах. На ООО есть активы (не миллиарды и даже не десятки миллионов, но есть)., контракты и пр.

Если не секрет - где ООО находится?

Новый собственник не мог являться заявителем в налоговую, так как заявление на изменения у нотариуса подписывает Гена.

Оснований для отжима доли обратно - более чем достаточно... 

1. Несоответствие номинальной  стоимости доли стоимости реальной

2. "Неправильный" заявитель

3. Наличие адмресурса у потеряшки.

Это как минимум.

Но, с другой стороны, ФНС - на Вашей стороне, так как все зарегистрировано, а откатывать в обратку они не любят...

На Вашем месте ябы поступил следующим образом:

1. Проверил правильность и полноту пакета документов по приобретению доли.

2. Пообщался с нотариусом

3. Пообщался с инспектором ФНС

4. Сменил собственника на нового - типа "добросовестного"

5. наложил бы обременения на активы или вывел бы их с глаз подальше.

Это для начала. А для полной ясности - неплохо было бы взглянуть на документы

Оснований - кукиш с маслом, на мой взгляд. Кстати вопрос о договоре первописарю остается открытым. Кстати, после подачи заявления/иска терпилой добросовестность/обременение уже никого не смутят.

Еще момент - старый учредитель не явился на обязательную перерегистрацию в 2009 г. 

Уточнил, доки в налоговою подписывал Генеральный

То, что старый учредитель не принимал участия в перерегистрации ООО - не принципиальный момент, но в качестве косвенного доказательства факта уступки доли это можно использовать.

Вам в данный момент нужно усиленно искать доказательства того, что старый собственник знал о факте уступки доли.

Договор купли/продажи - прямое доказательство, но его он пытается оспорить.

Ищите другие доказательства. 

 Гене объяснить, что он полюбому соучастник и главный подозреваемый. 

Передача доли должна была сопровождаться оплатой - должна быть расписка. Генеральному должны были быть предъявлены правоустанавливающие документы, на основании которых он и заявил регистрацию. 

Драг еч выше расписал всё правильно - шерстите пакет документов купли-продажи :-)

 Оплата доли как проводилась? Налом или безналом. Если налом, то расписка должна быть - еще один образец подписи бывшего участника.

Если безналом, то можно использовать как косвенное доказательство того, что бывший участник знал о сделке.

Провести экспертизу печати ОООшки - она должна быть идентичной той печати, которая была у старого учредителя. Печать должна была стоять на протоколе ОСУ (и на трудовом договоре с ГД), а с заявлением о краже регистрационных документов и печати он не обращался - косвенное доказательство вашей добросовестности. Другое доказательство - раз не менялся ГД, он может подтвердить вашу позицию, работайте с ним. Побольше образцов почерка старого учредителя. Истребуйте регистрационное дело в ФНС через милицию или суд, посмотрите на договор купли-продажи доли. Проводите экспертизу не только подписи, но и почерка - если он в этом договоре что-нибудь заполнял. И еще - налоговая, возможно, отправляла в 2007 году расписки о получении на регистрацию форм 13001 и 14001 в адрес вашего старого учредителя - это докажет, что он продал долю и знал об этом. Приготовьте доказательства вашего участия в управлении обществом (протоколы, трудовой договор с директором, представление в банк новых УД  и т.д.). У старого учредителя никаких доказательств не будет - еще одно косвенное свидетельство в вашу пользу. Посмотреть, платились ли дивиденды, проводились ли ежегодные собрания участников. По ситуации - заявление на старого учредителя о заведомо ложном доносе о совершении преступления. Нельзя ждать, нужно нападать самим. В общем, шансы есть, хотя многое зависит от документов и соронних факторов. 

P.S. А откуда он якобы узнал в 2010 г. о смене собственника ?

 Печать не менялась, только в прошлом году сделали новую, ввиду износа старой (старая осталась), человек находился на работе постоянно в течение всех этих лет. С Генеральным был подписан новый договор. К 2010 году активы плавно (из-за коньюктурной обстановке на рынке) оказались на проданной фирме, а на его совместных с новым учредителем - мизер. Он задергался, решил отжать по-хорошему (просто перепешите мне обратно), договорились об одном, но он пошел по-другому. На данный момент с новым собственником у него имеются совместные фирмы, на которых  есть немалые активы, но борьба развернулась за основную. Имеем на руках новый устав 2009 года, который был подготовлен его сестрой, с ее почерком, где вписаны новые учредители (50/50), но так и оставшийся не подписанным нир одной из сторон. 2010 год появился, как зацепка к сроку исковой давности - в противном случае, он пролетает.

Сестра официально работала в этой конторе юристом. Всеми юридическими вопросами занималась она. (Например, на выписке из ЕГРЮл 2009 г. с новым учредителем в графе лица, получавшего документы, стоит ее фамилия) и т.п.

Но у него (старого учредителя) позиция такая - я ничего не знал, был гендир, а все годы в ус не дул и думал, что все идет, как идет. Ежегодные собрания не проводились.

 Вот и докажите, что они проводились, и что он там присутствовал без права голоса. Как это - не проводились? Закон не нам писан?

Так какова итоговая позиция гендира? Ведь до 01.07.2009 (а насколько я понял все проходило именно тогда) по 14001, как и по 13001 заявителем был  именно гендир.